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根据中国台湾相关主管部门的批准，慈济大学和慈济科技大学已确定于2024年8月起合并为新的“慈济大学”，这也是中国台湾第二个技术专科学校和普通大学的合并案。相关主管部门最近已核定，现任慈济大学校长、慈济大学医学科学研究所教授刘怡将成为合并后的第一任校长。
刘怡均任期4年，聘期自两校合并基准日起算至4年止，从今年8月1日起至2028年7月31日。另外，校长依规定应专任，除担任学校教课外，不得担任校外专职，亦要求学校确实办理。
慈济大学现任校长刘怡均系南加州大学神经科学研究所博士、印地安那大学微生物学硕士、台湾大学植病学系学士；2019年出任慈大校长至今，曾任教务长、副校长，同时为慈济大学医学科学研究所教授。
目前，慈济大学和慈济科技大学网站均设置了“合校专区”，详细披露合并进展及重要文件。
据报道，慈济大学与慈济科技大学隶属同一法人——慈济学校财团法人，但两校因应高教环境，讨论合并已逾20年。
合并后，慈济大学将成为具有原慈济大学校本部、人社校区及原慈济科技大学等三个校区的大学，各学制班别则维持原规模，并依现行管道招生。
校方当时指出，未来会保留高教、技职学制，师资与课程共享，并增加跨领域及通识，希望发展为完整的综合型大学。并校后校地总面积65.8公顷，可使用校舍面积40.1公顷，规划初期以原有校区模式运作，校区间则会安排交通接驳。
根据两校合并计划书内容，两校合并后学生数上看6559人，大学部约4620人，其余则为研究所和专科部学生；教师预计518人，编制内教师460人。
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